Марина Шмотова родилась в Иркутске 19 апреля 1959 года.
Начальное образование получила в Иркутском Училище искусств по классу фортепиано у Веры Александровны Бойченко; индивидуально прошла курс полифонии и музыкального анализа у Изольды Оскаровны Цахер.
Продолжила образование в Москве. В 1985 окончила Музыкально-педагогический институт им. Гнесиных — класс композиции (профессор Н.И. Пейко), класс полифонии (профессора Г.И. Литинский и А.Г. Чугаев), оркестровка (Ф.Е. Витачек). Там же совершенствовалась в аспирантуре у композитора С.С. Беринского.
В 1982 году, ещё студенткой, Шмотова стала лауреатом Всесоюзного конкурса на лучшую фортепианную миниатюру. В 1991 году за Сонату-каприс была удостоена звания лауреата Международного конкурса им. С. Прокофьева.
Неоднократно участвовала в российских и зарубежных фестивалях современной музыки в Бельгии, Бразилии, Америке, Италии.
Жанровый спектр её творчества необычайно широк: здесь есть место инструментальной и вокальной миниатюре, симфонической поэме, концертной и хоровой музыке, музыке к драматическим спектаклям.
Лауреат премии Александра Вампилова (премия губернатора Иркутской области) за монооперу «Записки Марии Волконской» (Иркутск 1996).
С театром "Творческая мастерская" Марина Шмотова сотрудничает с 2013 г. Ею создана музыка к спектаклю "Настасья Филипповна" по роману Ф. Достоевского "Идиот". (реж. С. Стеблюк)